สำนักตรวจสอบภายใน มีหน้าที่และอำนาจ ตามประกาศคณะกรรมการ ป.ป.ช. เรื่อง การแบ่งส่วนราชการและหน้าที่และอำนาจของส่วนราชการในสังกัดสำนักงาน ป.ป.ช. พ.ศ. 2561 และที่แก้ไขเพิ่มเติม ดังนี้
(1) ตรวจสอบและประเมินผลการปฏิบัติงานเกี่ยวกับการบริหารงบประมาณ การบริหารการเงิน การบริหารพัสดุและทรัพย์สินให้เป็นไปตามนโยบาย กฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับ คำสั่ง และมติคณะรัฐมนตรี รวมทั้งตรวจสอบการดูแลรักษาทรัพย์สิน และการใช้ทรัพยากรทุกประเภทให้เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล
(2) ตรวจสอบการเงินการบัญชีของกองทุนป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ
(3) ให้ข้อสังเกต ข้อคิดเห็น และข้อเสนอแนะที่เป็นประโยชน์ต่อการบริหารงาน การปฏิบัติงานและการปรับปรุงแก้ไขเกี่ยวกับการดำเนินงานตามแผนงาน/โครงการของสำนักงาน ป.ป.ช.
(4) ติดตามและเร่งรัดการดำเนินงานของส่วนราชการในสังกัดสำนักงาน ป.ป.ช. ให้บรรลุผลสำเร็จ และเป็นไปตามแผนที่กำหนด
(5) งานเลขานุการคณะกรรมการตรวจสอบและประเมินผลสำนักงาน ป.ป.ช. (ค.ต.ป.)
(6) ประสานงานและปฏิบัติงานอื่นตามที่คณะกรรมการ ป.ป.ช. หรือสำนักงาน ป.ป.ช. มอบหมาย ตลอดจนสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง
